Der größte Reichtum der Gottschee waren seit jeher ihre ausgedehnten Wälder, die noch heute als eine der letzten Oasen ursprünglicher Natur gelten. Gewaltige Baumriesen mit Höhen bis zu 50 Metern und Durchmessern von bis zu 1,5 Metern prägen das Landschaftsbild. Bereits zur Zeit der ersten Besiedlung spielten die Wälder eine zentrale Rolle: Einerseits durch notwendige Rodungen zur Schaffung von Siedlungsraum, andererseits durch ihre Nutzung als Holzlieferant und Jagdgebiet.

Eine frühe rechtliche Grundlage für den Besitz schuf die Waldordnung des Grafen Friedrich von Ortenburg im Jahr 1406. Sie besagte, dass Land, das neun Jahre und einen Tag bewirtschaftet wurde, in den Besitz des Nutzers überging. Dennoch blieb ein Großteil der Bergwälder unberührt, da die Menschen nicht weiter in diese Gebiete vordrangen. So konnte sich ein außergewöhnlich großer, zusammenhängender Wald erhalten – etwa im Hornwald, der rund 150 km² umfasst.

Die Wälder hatten auch große ökologische Bedeutung. Sie regulieren das Klima, fördern die Luftfeuchtigkeit und schützen den Boden vor Austrocknung und Erosion. 

Besonders im Karstgebiet verhindern sie, dass die dünne Humusschicht durch Wind und Sonne zerstört und in die Spalten des Kalkbodens abgetragen wird.
Die Wälder hatten auch große ökologische Bedeutung. Sie regulieren das Klima, fördern die Luftfeuchtigkeit und schützen den Boden vor Austrocknung und Erosion. Besonders im Karstgebiet verhindern sie, dass die dünne Humusschicht durch Wind und Sonne zerstört und in die Spalten des Kalkbodens abgetragen wird.

Der Baumbestand setzte sich hauptsächlich aus Rotbuche, Fichte und Edeltanne zusammen, ergänzt durch Eiche, Ulme, Linde und Lärche. In tieferen Lagen wuchsen Birke und Eberesche. Ursprünglich dominierte die Rotbuche, doch ab etwa 1880 wurden Fichte und Tanne verstärkt angepflanzt, da sie wirtschaftlich ertragreicher waren.

Um 1900 zeigte sich die wirtschaftliche Bedeutung des Waldes deutlich: 34,7 % der Fläche waren bewaldet, während Ackerland nur 8,6 % ausmachte. Auch Wiesen und Weideflächen nahmen große Anteile ein. Heute hat der Wald viele ehemalige landwirtschaftliche Flächen wieder zurückerobert.

Die Fürstenfamilie Auersperg spielte eine wichtige Rolle in der Bewirtschaftung der Wälder. Ihr Besitz umfasste im 18. Jahrhundert rund 75.000 Joch, verringerte sich jedoch durch Rodungen und Reformen bis 1848 erheblich. Ein Teil der Flächen ging damals in den Besitz der Gemeinden über und wurde unter den Bewohnern aufgeteilt. Mit dem Bau der Eisenbahnlinie Wien–Triest (1854–1857) gewann die Holzwirtschaft an Bedeutung. Durch den Ausbau von Waldstraßen konnte Holz effizient transportiert und international vermarktet werden. 

Neben Schnittholz wurde auch Holzkohle produziert.

Der Waldreichtum bildete die Grundlage für zahlreiche Handwerksberufe: Drechsler, Löffel- und Siebmacher sowie Hersteller von Holzgefäßen und kunstvollen Schatullen fanden hier ihren Lebensunterhalt.
Zur Förderung dieser Holzverarbeitung wurde 1882 in Gottschee eine Holzfachschule gegründet. Bis in die 1930er-Jahre blieb diese Tätigkeit ein wichtiger Bestandteil der Hausindustrie.